Способность грамположительных бактерий при окраске по Граму удерживать генциановый фиолетовый в комплексе с йодом (сине-фиолетовая окраска бактерий) связана со свойством многослойного пептидогликана взаимодействовать с красителем.

Вирус стафилококка.
Вирус стафилококка.

Кроме этого, последующая обработка мазка бактерий спиртом вызывает суживание пор в пеп-тидогликане и тем самым задержку красителя в клеточной стенке. Грамотрицательные бактерии после воздействия спиртом утрачивают краситель, обесцвечиваются и при обработке фуксином окрашиваются в красный цвет. Это обусловлено меньшим количеством пептидогликана (5—10 % массы клеточной стенки).