Экология (от греч. oikos — дом, место обитания) микробов изучает взаимоотношения микробов друг с другом и с окружающей средой. Микробы обнаруживаются в почве, воде, воздухе, на растениях, в организме человека и животных.
Микробы — составная часть биоценоза, т.е. совокупности животных, растений и микроорганизмов, заселяющих участок суши или водоема. Сообщество микробов, обитающих на определенных участках среды, называется микробиоценозом.