Бактериофаги применяют в лабораторной диагностике для идентификации бактерий с целью выявления источника инфекции (эпидемиологическое маркирование).
Для этого используют фаготипирование: на чашку с питательной средой, засеянной чистой культурой возбудителя, наносят капли суспензий различных диагностических бактериофагов. При наличии чувствительности возбудителя к фагу на месте нанесенной капли суспензии бактериофага образуется стерильное пятно (бляшка) вследствие лизиса бактерий.
Кроме диагностических бактериофагов, имеются лечебно-профилактические, применяемые для лечения и профилактики заболеваний, вызываемых некоторыми бактериями.