Пищевые продукты могут обсеменяться различными микробами. В случае продуктов животного происхождения различают первичное прижизненное загрязнение собственной микрофлорой животного и вторичное — в результате попадания микробов при забое животных, доении коров, отлове рыбы, при переработке и хранении продуктов.
Прижизненное обсеменение органов и тканей животного собственной микрофлорой и патогенными микробами происходит при заболевании животного, при травмах или неблагоприятных условиях их содержания, что способствует нарушению защитных барьеров организма и транслокации (переносу) микробов в норме стерильные ткани и органы. В результате на свежезабитых тушах животных выявляются стафилококки, энтерококки, кишечные палочки, протей, клостридии, сальмонеллы и др. Таким образом, например, происходят обсеменение мяса сальмонеллами и клостридиями и другими бактериями, попадание при маститах в молоко стафилококков и стрептококков.