Экзотоксины — белки, представляющие бифункциональную структуру, так как они имеют транспортную группу, которая взаимодействует со специфическим рецептором клеток, и токсическую группу (активатор), которая проникает внутрь клетки и блокирует жизненно важные метаболические процессы.
Некоторые бактерии (например, Clostridium botulinum типа Е) образуют протоксины, состоящие из единой полипептидной цепи. Протоксины под действием протеолитических ферментов превращаются из нетоксичной в токсичную форму, т.е. в активную бифункциональную структуру. По степени связи с бактериальной клеткой экзотоксины условно делятся на 3 класса. Класс А — токсины, секретируемые во внешнюю среду, например, гистотоксин Corynebacterium diphtheriae, отечный и летальный токсины Bacillus anthracis и др. Класс В — токсины, частично секретируемые и частично связанные с микробной клеткой, например, тетаноспазмин Clostridium tetani, нейротоксин Clostridium botulinum. Класс С — токсины, связанные с микробной клеткой и попадающие в окружающую среду лишь при аутолизе клетки, например, цито-, энтеро-, нейро- и нефро-токсин Shigella dysenteriae, «мышиный токсин» Yersinia pestis.