С микрофлорой почвы и воды взаимосвязана микрофлора воздуха. В воздух также попадают микроорганизмы из дыхательных путей и с каплями слюны человека и животных. Здесь обнаруживаются кокко- и палочковидные бактерии, бациллы, клостридии, актиномицеты, грибы и вирусы. Солнечные лучи и другие факторы способствуют гибели микрофлоры воздуха.
Большее количество микроорганизмов присутствует в воздухе крупных городов, их меньше в воздухе сельской местности. Особенно мало микробов в воздухе над лесами, горами и морями. Много микробов содержится в воздухе закрытых помещений, микробная обсемененность которых зависит от условий уборки помещения, уровня освещенности, количества людей в помещении, частоты проветривания и др.
Для снижения микробной обсемененности воздуха проводят влажную уборку помещения в сочетании с вентиляцией и очисткой (фильтрацией) поступающего воздуха; применяют лампы ультрафиолетового излучения.
Санитарно-гигиеническое состояние воздуха (особенно в больничных и детских учреждениях) отражается в количестве микроорганизмов в 1 м3 воздуха (так называемое микробное число, или обсемененность воздуха). Косвенно о выделении патогенных микроорганизмов (возбудителей туберкулеза, дифтерии, коклюша, скарлатины, кори, гриппа и др.) при разговоре, кашле, чиханье больных и носителей можно судить по наличию санитарно-показательных бактерий (золотистого стафилококка и стрептококков), так как последние являются представителями микрофлоры верхних дыхательных путей и имеют общий путь выделения с патогенными микробами, передающимися воздушно-капельным путем.