Для выделения чистой культуры, которое производят поэтапно в течение нескольких дней, в начале его используют механическое разобщение бактерий на плотных питательных средах (посев штрихом, шпателем на несколько чашек Петри и др.).
На следующий день получают отдельные изолированные колонии. Колония — скопление бактерий, ведущее начало от одной клетки, а поэтому представляющее собой чистую культуру.