Люминесцентная микроскопия окрашенных флюорохромами фиксированных препаратов используется для обнаружения мико-бактерий, гонококков, возбудителя дифтерии, малярии в мазках крови и др. Этот метод более чувствителен по сравнению с обычными методами окраски (например, окраски по Цилю— Нельсену).
Иммунофлюоресценция (метод Кунса) — сочетание микроскопического метода с иммунологическим.